水利水電工程的建設和運行會使江河的生態系統趨于崩潰，在改變了上游與下游的水文環境和水動力條件的基礎上破壞了重要水生的適宜性和連通性。從水利水電工程影響水生生物的機理來看，可以設置以下調控方法：過魚設施。過魚設施主要是解決水生生物洄游路線被阻隔的問題，可以在工程中增設魚道、升魚機等自然的過魚設施，以幫助魚類及其他生物按照原始洄游路線通過設施進行產卵并繁衍。相關實踐表明，通過過魚設備幫助魚類恢復其洄游的路線可以對魚類的繁衍起到積極的促進作用，但過魚的效果受限制的因素比較多，例如魚類的洄游習慣、游泳能力等，所以過魚設施目前比較適合中低水頭的水利水電工程設置；增殖放流。增殖放流主要是采用人工的放流、移植的方式在水利水電工程水體內投放魚苗等水生生物，增殖放流是目前應用比較廣泛的保護水生生物繁衍的有效方法。例如在葛洲壩水利修建后就是利用成熟的人工繁殖中華鱘的方法來進行增殖放流，使中華鱘得到很好的繁衍；生態修復。在水利水電工程修建時會存在普遍的影響水生生物棲息地的現象，主要是高強度的人們活動使水生生物的生活受到嚴重影響。可以通過生態修復的方法來減少或停止人為對江河流域的干擾，幫助江河水資源進行自我調節和自我恢復；生態調度。水利水電工程同時兼有生態環境和生態環境調控效能，水電工程的生態調度主要是將生態因素納入到日常水庫的調度中，通過優化現行調度減輕水利工程建設過程和運營時對水生生物的影響，以最大限度的滿足水生生物的生存和繁衍。總之，過魚設施和增殖放流手段都可以有效解決生物資源保護問題，但是生態環境的修復是需要一定周期，需要長期進行。水利水電工程在建設時通過優化水文環境和水動力條件可以滿足水生生物的繁殖需求，具有可操作性。但我國目前的水利水電工程主要以防洪、發電為主要功能，對工程周圍的生態環境研究還處于初始階段，保護水生生物的繁衍是一個難點。需要在了解水生生物繁衍需求的基礎上對水文、水動力和水生態等進行優化，以促進水生生物的可持續繁衍。