1、物理阻隔

江河不但是生態系統可持續發展的紐帶，在水生生物的營養輸送、生物多樣性繁衍和生物遷徙等方面起著不可替代的作用。當進行水利水電工程建設時，工程施工會阻斷江河的上下游物質交換，使江河的連通性降低，會對水生生物產生不利影響。在長期自然演變過程中，一些水生生物形成在不同水域進行遷徙的習慣，但水利水電工程的建設阻斷了其洄游的線路，阻斷了不同生物的遺傳交流，使群體喪失多樣性遺傳，降低了適應能力。

2、水文水質脅迫

江河在發展過程中受氣候變化和地形影響形成自身可持續發展的水文環境和特征，這些環境對水生生物的多樣性繁衍起到促進作用。水生生物在長期繁衍過程中對水文水質等都養成需求的習慣，當水利水電工程建設改變了江河的天然的徑流時，江河上游和下游的徑流在時間和空間分布、水溫結構、水沙情況等都將發生變化，會對水生生物的繁衍和豐度產生不利的影響。水利水電工程建設過程中蓄水庫的建設使江河水位升高、水體流速降低、泥沙沉降嚴重、水溫產生分層、漲潮反季節等現象出現。水庫使江河水流速度降低在一定程度上適合生物多樣性繁衍和產量增加，但蓄水庫對生態的快速變化使水生生物面臨滅絕的危險，不利于水生生物的多樣性繁衍。